Bisericile din Scală au fost şi ele săpate în diferite timpuri. Cea mai veche bisericuţă săpată este cea mai de sus, cu hramul Înălţarea Sfintei Cruci, a cărei origine, fără îndoială, este de prin veacul al XII-lea; urmează apoi biserica cu hramul Sf. Nicolae (ambele biserici astăzi sunt năruite) şi, în fine, biserica şi chiliile în fiinţă astăzi, cu hramul Adormirea Maicii Domnului.
Istoricul rus, Batişcov, în descrierea istorică a Basarabiei (Petersburg, 1892), vorbeşte despre schitul din Scală şi arată că ar fi existat în veacul al XIII-lea, servind, după cum văzut, ca adăpost creştinilor împotriva năvălirilor tătare. Oricum, aceste schituri au luat fiinţă pe lângă cetatea Gorodiştea prin veacul al XII-lea – XIII-lea. Acte sigure privitoare la primele începuturi ale acestor biserici-peşteri nu avem.
În biserica veche din Scală, cu hramul Sf. Nicolae, astăzi năruită, s-au găsit două icoane vechi, una a Maicii Domnului şi alta a Sf. Ierarh Nicolae, ambele icoane poartă inscripţii slavoneşti şi se păstrează în muzeul istorico-arhiologic din Chişinău. Pe icoana Maicii Domnului se citeşte: ”Această Sfântă Icoană s-au arătat în văzduh, deasupra stâncii la anul 1666 după naşterea lui Hristos, în zilele Episcopului Damian care au şi locuit în cetatea Basarabiai. Eu, Episcopul Damian, am pus această icoană în biserica Sf. Ierarh Nicolae ce o zidisem în Scala din jos de cetate. În zilele fiicei a lui Domnului, Stăpânului cetăţii Kir – Ştefan a lui Teodor Basarab, Mariei, ce au rămas singură de tata şi de mama la vârsta de 18 ani, care este acum Doamna şi stăpâna cetăţii după moştenire. Am scris eu, Episcopul Damian în zilele anilor mei, ale vieţii 83”.
Pe icoana Sf. Nicolae se citeşte: „Această sfântă icoană a lui Ierarh Nicolae este pusă în biserica lui de Domnul Mirele Mariei căruia este voinţa a se însoţi şi cununa în noua biserica cu osârdia lui făcută. Eu, Episcopul Damian cu mâna mea am scris.”
