Prima ciocnire dintre Azerbaidjan şi Armenia s-a întâmplat în februarie 1988 după încercarea conducerii Regiuni Autonome a Carabahului de Munte de a o scoate din componenţa Azerbaidjanului. Au fost organizate proteste în masă,vandalizări pentru a localiza conflictul au fost dislocate trupe ale Ministerului Afacerilor Interne ale URSS, numărul lor ajungând pînă la 130 000, epicentrul conflictului fiind luat sub control. În toamna anului 1988 a avut loc mai multe ciocniri interetnice. La sfîrşitul luni noiembrie – începutul luni decembrie forţele armate armene cu ajutorul autorităţilor locale au deportat mai mulţi azeri, ca consecinţă a depotării a dus la o destabilizare generală în Azerbaidjan. Conducerea sovietică şi-a intensificat măsurile de prevenire a conflictului, însă măsurile luate au stabilizat situaţia temporar. Deciziile şi eforturile suplimentare pentru soluţionarea conflictului de lungă durată au fost ineficiente. Din ianuarie 1989 Regiunea Autonomă a Carbahului de Munte fiind scoasă de sub controlul Azerbaidjanului. În vara anului 1989 grupările înarmate armene au trecut la operaţiuni de lichidare a cetăţenilor de naţionalitate azeră, eforturi speciale s-au concentrat pentru distrugerea infrastructuri economice care le ofereau azerilor surse suplimentare de existenţă, după finalizarea oricărei operaţiuni aceste zone pustiite erau înlocuite cu armeni.
La începutului ianuarie 1990 armeni au folosit elicoptere de tip Mi-8, pentru atac din aer în aşezări cu preponderenţă azeră, în partea de nord a Carabahului de Munte, ca reacţie a fost creat Frontul Popular Azerbaidjan. Consiliul de Apărare a Azerbaidjanului a introdus stare de urgenţă, şi-a concentrat trupe suplimentare în zonele Ganja Kanlar pentru a stopa represaliile armene, care s-au soldat cumai multe cocniri intre azeri şi armeni. Pentru a preveni transferul de putere la opoziţie, conducerea politică şi militară URSS în frunte cu Mihail Gorbaciov la 16-19 ianuarie ignorând cauzele,natura şi specificul evenimentului au stabilt la periferia Baku 50 000 de militari din Transcaucazia, Moscova, Leningrad. În noaptea de 19 spre 20 ianuarie trupele din suburbie au intrat în Baku, a fost introdus stare urgenţă şi dezarmarea MAI a Azerbaidjanului iar Comitetul de Apărare a Frontul Popular Azerbaidjan s-a dizolvat ca mai tîrziu să treacă la activităţi ilegale. Pînă la jumătatea anului 1990 în Carabahul de Munte acţionau mai multe grupări armene care ajungeau pînă la 15 000 de luptători. În al treilea an al conflictului partea armeană au trecut la acte de terrorism ca formă de război. Atacurile erau efectuate pe teritoriului Carabahului de Munte cât şi în afara lui, fiind utilizate mijloace explozive modern, a crescut numărul atacurilor în satele azere, au fost distruse căi ferate. În primăvara anului 1991 Ministerul Apărări şi Ministerul Afacerilor Interne al URSS a decis de a neutraliza grupările armene. După lupte grele grupările armene au fost înlăturate din zonă. La 15 mai operaţiunea a fost încheiată. Neutralizarea forţelor armene nu a fost rezolvată, pauza care a urmat după 15 mai 1991 a fost folosită de armeni pentru a compensa pierderile şi de regrupare. Forţele armene au întrepris o serie de atacuri împotriva armatei Uniunei Sovietice care implicau ambuscade pe drumuri, au fost capturaţi 40 de militari din trupele de interne URSS.
La sfîrşitul luni august 1991 forţele interne ale URSS au oprit executarea stării de urgenţă în Carabahul de Munte. Toate grupările armate armene împreună cu partidele locale au proclamat la 12 septembrie 1991 formarea Republicii Carabahului de Munte. În toamna anului 1991 conducerea armeană au organizat recrutări a cetăţenilor săi în rândul armatei pentru a pregăti experţi militari în mai multe domenii. La sfârşitul luni ianuarie din 1992 în satele cu preponderenţă azeră au fost izolate după care a urmat un masacru. La 6 martie într-o încercare de a restabili poziţia, Azerbaidjanul a lansat o operaţiune de ofensivă de salvare a zonelor ocupate. Armenia având o relaţie mai specială cu noua conducere de la Moscova şi datorită susţinerii din partea acestora cu muniţie şi cu mercenari au avut sorţi de izbândă, astfel încât partea azeră a fost nevoită să declare stare de retragere. În dimineaţa zilei de 12 iunie Armata Naţională Azerbaidjanului au atacat puternic simultan în mai multe zone. La 9 iulie 1992 în pragul negocierilor internaţionale pentru a rezolva conflictul pe cale paşnică conducerea Azerbaidjaului a hotărât să oprească ofensiva şi să-şi consolideze poziţiile ocupate. De această pauză a profitat partea armeană pentru a restabili capacitatea de luptă, ca la 15 iulie să înceapă un contraatac, ca urmare ei au cîştigat o parte a teritoriului pierdut mai devreme. Începutul luni septembrie 1992 Azerbaidjanul a trecut la ofensivă, o treime din teritoriul Carabahului de Munte a fost eliberat, armata armeană a suferit pierderi semnificative.Din cauza presiunilor din partea Rusiei operaţiunile de ofensivă au fost suspendate. Situaţia politică-militară a suferit schimbări semnificative bazată pe tradiţia rusească de expansiune, liderii armeni au convins conducerea Federaţiei Ruse că este singurul aliat strategic în Caucazia. La 5 februarie 1993 după finalizarea întăririlor suplimentare cu elicoptere, tancuri, lansatoare de rachete armeni au lansat o nouă operaţiune de ofensivă, în doar trei zile ei au înaintat 10 km unde au fost opriţi de un contraatac azer. În luna martie după o amplă propagandă a Armeniei prin intermediul mass-media, ei au atacat simultan în patru zone strategice. În dimineaţa zilei de 12 iunie au lansat un atac masiv cu 6000 de militari susţinuţi de elicoptere Mi-24, vehicule blindate. La 18 iunie după întăriri forţele armate azere au lansat un contraatac. Din cauza crizei politice de la Baku, lipsa de muniţie şi lipsa întăririlor azeri au fost nevoiţi să se retragă în partea de nord-est pentru regrupare.
Pînă la 25 august armeni a ocupat teritoriu cu o suprafaţă totală de 1050 km2. Pe parcursul celor opt luni ale anului 1993 Azerbaidjan fiind într-o stare permanentă de criză politică a pierdut controlul la 14 000 km2, lupta fiind mutată în afara Carabahului de Munte. În 1994 s-a stabilizat situaţia internă în Azerbaidjan. Concentrarea forţelor armene pe linia frontului a fost efectuat sub pretextul ca o politică de a rezolva conflictul, ofensiva a fost efectuată în noaptea de 9 spre 10 mai, ca la 19 aprilie azeri au făcut o diversiune de contraatac, pe durata a 33 de zile de luptă au murit circa 1000 de soldaţi armeni, agravarea moralului, dezertările în masă şi muniţiile epuizate, comandamentul armean a fost nevoit să treacă la stare de apărare, la 12 mai lupte active pe linia frontului s-a oprit. Pentru a-şi consolida poziţia militară Armenia a încheiat un parteneriat strategic cu Federaţia Rusă, ceea ce adus la crearea unei baze militare (5000 de soldaţi, 80 de tancuri, 190 de vehicule blindate) a Federaţiei Ruse pe teritoriul Armean.
Odată cu escaladarea crizei cecene, Rusia a închis frontiera cu Azerbaidjan pe motiv că ar fi infiltrat luptători în Cecenia.În octombrie 1994 şi martie 1995 opoziţia de dreapta fiind sprijinită din exterior au încercat lovitură de stat, ambele tentative au eşuat. Fiind conştienţi de a lua măsuri urgente pentru protejarea independenţei şi suveranităţii ţări, Azerbaidjanul şi-a intensificat poziţia pe plan internaţional. Azerbaidjanul şi-a consolidat siguranţa ţări şi poziţia militară cu ajutorul NATO prin aderarea la programul Parteneriat pentru Pace.