В случае существования параллельных или перекрывающихся родственных канонов, в чём-то противоречащих друг другу, выбор канона для конкретного фанфика может принимать один из следующих видов:
а) чоткий канон — за основу берется строго одна составляющая (или непротиворечивый набор составляющих), остальные игнорируются;
б) нейтральный — опора идет только те факты, которые присутствовали во всех значимых ветвях канона, а моменты, создающие расхождения, не упоминаются вообще;
в) второй-через-первый — за основу берется одна составляющая, но некоторые детали, не противоречащие основному канону, заимствуются из других версий;
г) смешанный — автор фанфика выстраивает собственную версию событий канона, включая в нее нужные ему факты из нескольких составляющих сразу;
д) слитый канон — автор фанфика пытается доказать себе и читателям, что на самом деле составляющие друг другу не противоречат;
е) кроссовый — версии канонического мира рассматриваются как параллельные вселенные или происходящие в другое время и/или в другом месте похожие, но не совпадающие последовательности событий, и именно множественная реальность этих событий принимается за канон.*

Есть еще варианты? Че-то ничего больше в голову не приходит.

_________________________________________________
*Разумеется, всё это не исключает возможности, что фанфик будет представлять собой кроссовер с каким-нибудь посторонним, не входящим в данный мультиканон произведением. В большинстве этих вариантов он может также быть AU по отношению к выбранному частному канону.